В 17 веке, основатель Материнского Дзогчен Монастыря, Его Святейшество Дзогчен Падма Ригзин (1625-1697) отправился в восточный Тибет в провинцию Кхам в Священное Ущелье Рудам. Его сопровождали три его главных ученика: Терчен Ньима Дракпа, который был как солнце, Полоп Намкха Осел, как луна, а Рабджам Тхенпей Гьялтцен, как звёзды. Его Святейшество Далай Лама пророчествовал, что деяния Падмы Ригзина в восточной области будут очень способствовать распространению Дхармы в Тибете.
В течение долгого времени Падма Ригзин практиковал в Священном Ущелье Рудам и в Снежных Горах Силтрон. Много раз у него было видение Падмасамбхавы, который сказал ему построить монастырь. Спустя некоторое время он с помощью своих учеников построил монастырь с храмом, способным вместить более 3 тысяч лам, который стал одним из самых крупных храмов в Тибете. В течение многих лет Падма Ригзин и его ученики передавали Дзогчен Кхандро Нингтиг. Тысячи тибетцев приходили в Святое Ущелье Рудам получить учения и практиковать Дзогчен. Более шестидесяти четырёх учеников Падмы Ригзина реализовали Радужное Тело в этой области. По этой причине область Ущелья Рудам стала известна как Святая Область Дзогчен. Монастырь, Рудам Оргьен Самтен Чолинг стал известен как Материнский Дзогчен Монастырь.
Много поколений ваджрных мастеров Дзогчен Монастыря Рудам Оргьен Самтен Чолинг стремились сохранять Традицию Дзогчен для блага всех живых существ. Тысячи практикующих достигли просветления. Материнский Дзогчен Монастырь стал центром развития традиции Ваджраяны тибетского Буддизма. Постепенно по всей Азии стали возникать ответвления Дзогчен Монастыря - около 700 монастырей со ста тысячами лам и миллионами последователей. Дзогчен Монастырь продолжал процветать до 1959 года.
В Дзогчен Монастырь входит Материнский Дзогчен Монастырь, Университет Пяти Наук Дзогчен Шри Сингха, ретритные центры и священные горные пещеры Дзогчен.
Дзогчен Монастырь является одним из самых старинных и крупных нингмапинских монастырей в Тибете. Управлением материнским Дзогчен Монастырём и всеми его филиалами (ответвлениями) занимаются ваджрные мастера. Среди них Его Святейшество Дзогчен Ринпоче, Дзогчен Понлоп Ринпоче и Дзогчен Геманг Ринпоче. Монастырская Система Дзогчен следует руководству только подлинных мастеров, достигших просветления либо высокой реализации Дзогчен; политические, финансовые, культурные или традиционные власти не оказывают влияния на Дзогчен Монастырь.
В Дзогчен Монастыре более ста Ринпоче и Кхенпо, а также 1700 лам, служащих при филиалах Дзогчен Монастыря в Азии. Филиалы Дзогчен Монастыря находятся под опёкой Материнского Дзогчен Монастыря.
В том случае, если Наставники Дзогчен Монастыря сочтут, что выпускник, завершивший все вышеперечисленные курсы, стал квалифицированным мастером, он становится Дордже Лопон (Ваджрный мастер).
Во времена Его Святейшества Пятого Дзогчен Ринпоче, Материнский Дзогчен Монастырь вёл большую работу. В течение одного года ради блага и просветления всех живых существ Монастырь разработал программу, представленную ниже, которая стала традиционной и осталась без изменений вплоть до сегодняшнего дня.
В настоящее время многие Ринпоче-перерожденцы, родившиеся заграницей имеют трудности возвращения в Тибет. Поэтому в Дзогчен Монастыре находится только 10 Ринпоче старшего поколения.
Это Его Святейшество Тулку Калсанг Ринпоче, Тулку Токдан Ринпоче, Тулку Друкпа Ринпоче, Тулку Шокли Ринпоче и Тулку Тенпел Ринпоче. Следующие молодые Ринпоче руководят деятельностью Дзогчен Монастыря: Друкпа Кучен Ринпоче, Лингла Кучен Ринпоче, Дзогчен Кьенце Ринпоче, Тулку Кунчок Ринпоче и Ригзин Тхарчин Ринпоче. Молодые Ринпоче занимаются ежедневными делами Монастыря. В дополнение к этому они управляют реставрацией Монастыря, которой занимаются 108 молодых и старших лам. Все они полностью преданы сохранению традиции Дзогчен Монастыря.
С 1959 года до сих пор не восстановлены самый крупный храм Дзогчен Монастыря и некоторые другие малые храмы. Многие виды традиционной монастырской деятельности не имеют достаточной поддержки. Поскольку старшего поколения становиться всё меньше и меньше, мудрость этой традиции находится под угрозой исчезновения.
Традиционные церемонии и коллективные практики являются главными в деятельности Монастыря, и только старые ламы знают сложные особенности традиционной системы Дзогчен Монастыря. Но каждый год их становиться всё меньше. Из 1700 прежних лам осталось около тридцати.
Многие молодые ламы хотели бы остаться при Монастыре, но не имеют этой возможности из-за некоторых сложностей. Монастырь не имеет финансовой базы, чтобы обеспечить их содержание, а жители Дзогчен Области не способны помогать Монастырю. Цены на товары продолжают расти, и люди становятся всё беднее. По этой и многим другим причинам юные ламы вынуждены оставить Монастырь. Те же ламы, которые остаются, должны выполнять в пять раз больше работы, чем предыдущее поколение лам. Многие тибетцы очень обеспокоены тем, как будет в дальнейшем развиваться монастырская традиция Дзогчен.
Наш Учитель, Дзогчен Кхенпо Чога Ринпоче обеспечил Монастырю некоторую поддержку благодаря созданию школы для ста молодых лам. Ринпоче пожертвовал 17 тысяч долларов за последние три года.
Для того чтобы сохранить традицию Дзогчен в это сложное время, мы намерены оказывать поддержку трёмстам молодым ламам из Материнского Монастыря. Мы обращаемся ко всем желающим помочь восстановлению Дзогчен Монастыря с помощью собственных вложений либо в нахождении спонсоров для обучающихся лам. На обучение и содержание одного ламы требуется 30 долларов в месяц.